Lagoas costeiras como a Rodrigo de Freitas enfrentam um problema de difícil solução: o depósito de matéria orgânica e sedimentos levados por rios ou pela ação da chuva nos morros. No caso específico, existe ainda o acréscimo de anos e anos sem qualquer fiscalização sobre o despejo de esgotos no local. A profundidade da lagoa em alguns pontos também dificulta a circulação da água e contribui para o maior acúmulo de gases venenosos.
Em agosto de 2009, um trabalho de despoluição da Lagoa Rodrigo de Freitas, conhecido cenário carioca e futuro palco de competições olímpicas, foi iniciado. Tudo começou com a realização dos serviços de limpeza e filmagem das galerias de águas pluviais do entorno da lagoa. A operação pretendia auxiliar na identificação de possíveis lançamentos clandestinos de esgotos. Resultado de uma parceria entre a Companhia Estadual de Água e Esgoto (Cedae) e o grupo EBX, do empresário Eike Batista, a limpeza das tubulações também foi iniciada.
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